熊廷弼脸色变得极为冰冷，寒声说道：“刘遇节，你早在清河城时就弃城而逃。当日吉林崖一战，更是率先逃跑。像你这样的贪生怕死之辈，本帅焉能留你。”
刘遇节刚想分辩几句，熊廷弼立刻高声喝喊：“来人，把他给拉出去，砍了！”
旁边上来几个武士，不由分说，将刘遇节打掉头盔，抹肩头捆二臂推出了大厅。
熊廷弼眼望人群：“王捷、王文鼎何在？”
王捷、王文鼎早就吓尿了裤子。二人带着哭音说道：“末将在。”
熊廷弼手指二人厉声问道：“你二人随同刘遇节，在吉林崖一战率先脱逃。临阵脱逃，按律当斩。来人，将其二人一同拉出去，砍了。”
王捷、王文鼎嚎哭不止，不停地请求活命。奈何熊廷弼充耳不闻，一脸肃杀。
不大会儿的功夫，几个武士手提三人的人头走进了大厅。
“大帅，三贼已经伏法，还请大帅发落。”
熊廷弼突然眼含痛泪，哭声说道：“自抚顺之战以来，清河、开原、铁岭相继失陷。萨尔浒一战，我大明将士无辜惨死的何止千万。把三贼的人头高挂旗杆，以告慰烈士在天之灵。”
武士领命将三人的人头悬于高杆之上。
熊廷弼刚一来，就给了所有在场众人一个下马威。全军肃然，军容立整。
就在熊廷弼来到辽阳的第十天，一名将军前来求见熊廷弼。他的名字叫尤世功。
尤世功，与贺世贤同为榆林老乡，曾经在乡试中过武举人。他与贺世贤的经历相似，曾经当过沈阳游击，而且都在李如柏的手下任过参将。萨尔浒战役之后，他与贺世贤几乎同时升任参将一职。
熊廷弼听说过尤世功这个人，但并不十分了解他。
熊廷弼将尤世功请到内书房，并让下人献茶：“尤将军，你有何事要找本官啊？”
尤世功看看四下无人，悄悄说道：“大帅，我四营的官兵已经两个月没有关饷了。
还请大帅明察。”
熊廷弼眉头一皱：“难道说杨镐克扣了大家的饷银吗？”
尤世功轻轻摇了摇头：“非也。掌管关饷的并非杨镐杨经略，而是左都督陈伦。他仗着与杨镐经略关系好，长期以来中饱私囊，克扣军饷。虽然大家都知道，可是碍于杨镐大人的情面，谁也不敢说。”
熊廷弼早已气得浑身直颤：“这个匹夫，我一定要杀了他。”
尤世功见熊廷弼态度很坚决，便起身说道：“大帅公务多忙，末将就不打扰了。”说着，抱拳起身。
熊廷弼突然点了点头，脸色变得和缓了许多。他轻轻拍着尤世功的肩头，感慨地说道：“如果我大明皆是像世功这样的将军，何愁辽东不复，金贼不灭。”
第二天，熊廷弼就派人彻查陈伦贪贿一事。由于证据确凿，陈伦当即就被熊廷弼给斩了。这一下，可是大快人心。
整顿完辽阳城，熊廷弼开始整顿沈阳城。
镇守沈阳的李如桢可真不是个善茬。熊廷弼下大令调了他三次，李如桢都没有前往辽阳去拜望这位新任的辽东经略。
按李如桢的想法，你熊廷弼算个什么东西，焉敢对你家都督呼来喝去。
熊廷弼没有办法，写奏折递往京师，将李如桢眼见铁岭失陷，坐视不理的事情一五一十地报于了皇帝。
李如桢得知消息，毫不畏惧。他也写了一封奏折送往京师，并声言自己与金贼一场大战，且大获全胜。那一百七十余个金贼的人头便是铁证。
熊廷弼的第一封奏折没有起到作用
熊廷弼没想到就在京城厮混的李如桢有如此强大的靠山。熊廷弼联系了沈阳城数名将军，然后联名再次弹劾李如桢。在奏折的最后，熊廷弼写道：“李如桢以死人头冒领军功，按律当斩。将门之子，行为如此苟且，令人为之扼腕。是杀是留，还请陛下裁决。”
首辅方从哲见李如桢的事情实在压不下去了，就命兵部将李如桢召回北京。不久，李如桢遭
到御史弹劾，被刑部捉拿下狱。
拿掉了李如桢，熊廷弼命总兵李怀信接替李如桢，柴国柱、贺世贤协同镇守沈阳城。
熊廷弼整肃军纪之后，开始增强战备。
他下令督促士兵打造战车，置办火器，开挖战濠，修筑城墙，做御敌守城的准备。他的命令坚决，有法必行，几个月下来，辽东守备大为牢固。
接着，熊廷弼上书明神宗进呈方略：
首先，熊廷弼请求召集军队十八万人，分布在云阳、清河、抚顺、柴河、三岔儿、镇江等战略要地。使其首尾呼应，小的战事各自拒敌防守，大敌来时则互相接应、援助。
其次，另外选拔精兵悍将组织游击队，乘机出动，攻掠敌人的零散兵马，扰乱他们的耕种和放牧，轮番出击，使敌人疲于奔命。
最后，等时机成熟，辽东人马共同出击，一举进剿赫图阿拉，生擒努尔哈赤。
熊廷弼的奏章呈递北京城之后，明神宗听从了他的建议。
熊廷弼在练兵的期间，发现了一个问题：无论是将官还是士兵都十分怯战。究其原因是明军在辽东接连战败，金兵的强悍在明军将士的心中已经被无限放大。
熊廷弼首先派佥事韩原善去沈阳安抚当地的军民。最起码要有一个文官在沈阳坐镇，才能彰显朝廷御敌的决心。可是韩原善说什么也不去，除非现在就把我杀了。
熊廷弼无奈，另外委派佥事阎鸣泰去沈阳安抚。阎鸣泰到了虎皮驿，就吓得跑回来了。
熊廷弼刚想申斥阎鸣泰，这位佥事官鼻涕一把，泪一把搞得熊廷弼很是无奈。
最后，熊廷弼只得亲自前往沈阳城。
熊廷弼先是巡视了虎皮驿，然后又来到沈阳城。熊廷弼与李怀信共同检查了沈阳城的布防之后，转而向东行进。
熊廷弼此举引起了贺世贤的注意。
贺世贤急忙拦挡：“大帅且慢！”
熊廷弼一愣：“世贤将军，你有事吗？”