在原版电影中，军方或者说军方支持的源代码项目是仅次于炸弹客的第二大反派。
而在最后快结尾的剧情中，甚至隐隐有暗示设计出源代码的博士也许才是最大boss，他甚至期望会发生更多恐怖袭击，这才能有源代码项目更大的发挥余地。
在源代码项目负责人看来，男主纯粹是个工具人，在执行完追踪炸弹客的任务后，还想删除男主的记忆，让他在之后的任务中继续发光发热。
最终是男主说服了女军官，让她冒着上军事法庭的风险违反上级命令，使男主角在现实世界中残存的身体陷入死亡的安眠，男主的意识也因此能在源代码创造的平行世界中获得自由。
很显然把军方或者至少是与军方有密切联系的源代码项目设置成反派在汉化版是绝对行不通的。
所以最后那一段女军官不惜抗命，给予男主角肉体死亡的剧情是不得不删掉的。
其实陈景行发自内心的认为删掉更好，素未谋面的女军官为了男主角，不惜上军事法庭也要违抗命令，动机太过牵强，你对别的国家发动战争的时候也没见有圣母来抗命啊，这个设定太过违和。
不是不能大发善心，但原版电影铺垫显然是不足的。
在陈景行拍的这一版本中，共和国军方与男主角自始至终都是站在同一立场的。
在最开始之所以女军官对男主语焉不详，回避问题，不愿透露真相，是怕男主意识到自己已经死亡后，影响到他的大脑机能，进而让源代码的运行出现问题。
而随着男主情绪的不稳定，和在源代码世界中逐渐接近真相后，女军官请示上级后还是把一切真相向男主和盘托出了。
而军方也没有抹除男主记忆，让其继续当工具人的想法，毕竟男主是空军飞行员，因一次训练坠机身亡，已经被追赠为烈士，如果不是实在走投无路且关乎百万民众生命安全，军方其实是不愿意启动源代码让烈士不得安息的。
毫无疑问，这样改的话会让电影在后期少了一些矛盾冲突。
那么矛盾冲突就要在别的地方补回来。
陈景行在与编剧小组讨论后，决定要从恐怖组织身上把矛盾冲突补回来。
这个恐怖组织叫什么？在哪里？通通留白。
只设定该组织最终执行这起连环恐怖袭击的成员共有三人。
而且三人都在这辆列车上，等待着最终死亡的降临。
这样一来，男主角在源代码世界中追捕真凶的过程将会分成三段戏，也会产生三倍于原版的冲突。
当男主自以为抓到在列车上放置炸弹的真凶后，这个真凶透露自己只是恐怖组织的其中一个成员，他只负责放置炸弹，但如何停止列车上炸弹的倒计时他并不知道，而且列车上还有其他的成员，他们之间有不同分工，但从来没见过彼此。
这个消息让男主及背后的军方都极为震惊，在军方的配合下，男主又在列车上找到了第二个恐怖组织成员，在逼问下，此人说出了停止列车炸弹倒计时的密码，但他只负责给列车炸弹设置倒计时，城市中的放射性爆炸装置并不是他放置的，那颗炸弹的详细信息只有组织内在列车上的第三个人才知道。
而且这第三个人正是他的上线，也是整个恐怖事件的策划负责人。
随后男主在偶然的机会下突然发现到了真相，原来他意识附身的这个历史老师就是最大boss，他自己就是恐怖组织在这辆列车上的第三个人！
原来我才是真凶！
这个反转引发的戏剧矛盾足够填补原版中主角与军方之间的冲突剧情，且绰绰有余。
但是这具身体的意识已死，剩余的只是男主降临在源代码世界中的肉身而已，同时他也不知道这具身体手机的密码，无法在手机中找出什么蛛丝马迹，即便下车去找维修店破解密码，也不是八分钟内能搞定的事情。
这让整个事件变成了彻底的死结，军方也陷入了绝望，男主让军方再给他一次机会。
在又一次的8分钟里，男主再不急于料理恐怖组织嫌犯，而是与女主陷入了温馨而愉快的交谈中。
而这也是陈景行设定的男主对女主感情的最后一次转变。
女主和男主附身的历史老师是同事，在与女孩的交谈中，男主找到了真凶特意设置的手机密码的线索。
用密码打开手机后，终于在里面找到了城市中放射性炸弹的线索。
如此则峰回路转，柳暗花明。
这是剧情的最后一重反转。
后面就跟原版差不多，男主将线索告知军方，军方在现实世界城市中找到了爆炸装置解除了威胁。
而男主重复多次的进入源代码后也意识到了，源代码似乎不像军方描述的只是8分钟回档那么简单，所以请求军方让他最后一次进入源代码世界，并且在8分钟后停止他在现实世界中残躯的生命维持，让他获得死亡。
军方自然是欣然同意。
随后男主和女主在一吻停顿后画面继续进行。
观众此时也会恍然，原来源代码是另一个平行世界，并不只是所谓的记忆回档。
当然在这个汉化版源代码中，陈景行还是留了几个扣。
比如为什么恐怖组织的成员愿意在列车上安然赴死？
既然连死都不怕，又为什么会在被主角抓到制服后吐露自己所知道的信息？
为什么主角附身的历史老师同时也就是策划恐怖袭击的头目会在自己的手机中记录下放射性炸弹的安装位置，从而被主角破了手机密码后就能轻易阻止其后续在都市中的恐怖袭击计划。
为什么军方仿佛对源代码一无所知，只以为其是8分钟的回档？
实际上在魔改设定中，源代码本身就是制造平行世界的机器，而这个机器就是策划爆炸活动的恐怖组织发明的，而军方手里的那一台机器就是从这个恐怖组织手中缴获的，只是军方被其误导，以为只是个8分钟的回档，只能用于破案而已。
也就是说所谓的发生恐怖袭击的“现实世界”本身就已经是恐怖组织利用源代码创造出的一个平行世界。
恐怖组织用源代码进入平行世界制造恐怖活动，这就能解释其成员为何能安然赴死，因为他们和主角一样都是意识降临在平行世界的。
恐怖组织用源代码意识降临，制造恐怖活动，而平行世界的军方则用源代码创造别的平行世界来获取阻止恐怖活动的线索。
有点像三体中的面壁者与破壁人。
而这个设定陈景行会在电影中留有足够的暗示，阅片量高的观众和影迷一定会发现这些细节和暗示，做出各种各样的解读，脑补出各种惊人的真相。
同时这也为可能存在的续集留下接口，虽然《源代码》原版没有续集，但在本位面未必不行，陈景行脑海中的科幻大片总有用完的时候，也要让梦工厂有自我造血的能力。