时间一周又一周地过去，电视上面，《鲁路修》第二季一话接一话地播出。
前面留下的许多坑，也一个接一个地被填上。
比如，最后鲁路修和朱雀持枪对峙的那一幕，虽然当时好像只有一声枪响，但实际上两人都开了枪，只不过都没打中要害，然后，朱雀毕竟身体素质较强，飞速朝鲁路修冲过去，三两下就将鲁路修抓住。
之后，朱雀将鲁路修带到布里塔尼亚皇帝面前，希望能凭借抓住zero的功劳，换取一个圆桌骑士的席位。
皇帝答应了。
另外，这个皇帝同样拥有Geass，可以篡改他人的记忆。
鲁路修的记忆就是被皇帝篡改的。
之所以放他回学校，则是为了将C.C.引出来，将其抓捕。
只是，知道Geass的情况的人少之又少，导致抓捕过程中被钻了空子，结果就是，C.C.没能抓到，还让鲁路修恢复了记忆。
洛洛，这个人当然不是鲁路修真正的弟弟，而是帝国派来，安插在鲁路修身边的“刺客”，他得到的任务就是抓住C.C.，同时，要是鲁路修记忆恢复，zero“复活”，就杀了鲁路修。
给他任务的人，实际上不是帝国的皇帝，而是V.V.，也就是第一季末尾抓走娜娜莉的人。
这个V.V.看起来只是个小孩子，然而真正的身份是帝国皇帝的哥哥，和C.C.一样拥有不死之身的人。
帝国皇帝的Geass来自这个V.V.，这还没完，鲁路修的冒牌弟弟洛洛，拥有小范围内停止他人体感时间的Geass，虽然没有明说，但毫无疑问这个Geass也是来自V.V.。
第二季的第一话，卡莲一开始明明已经成功将鲁路修带走，却三两下就被洛洛追上，还莫名其妙地摔了一跤，回过神来，鲁路修也被洛洛带走，就是因为洛洛发动了Geass的力量。
在恢复记忆之后，鲁路修很快就意识到弟弟洛洛是假冒的这个问题，不过当时他和那些前来营救他的黑色骑士团残余人员还没脱险，只能先指挥黑色骑士团残余人员，与帝国方面的人交战。
交战过程中，驾驶着机甲的洛洛出手，差点让鲁路修当场翻车，是前来营救他的一位要员，“四剑圣”之一的卜部巧雪牺牲自己的性命，帮了鲁路修一把，才让鲁路修和黑色骑士团的那些人获得一场胜利，顺利脱身。
之后，鲁路修一身zero的装扮，在电视上发表宣言，宣布zero回来了，要再次成立霓虹合众国。
恢复记忆，恢复能力，大战获胜，在电视上发表复活宣言，这些毫无疑问都是爽点。
不过，鲁路修需要面对的问题还很多。
首先就是，他得继续装模作样，假装自己尚未恢复记忆，假装那个复活的zero与他无关，否则洛洛以及同样被安插在学校的体育老师维蕾塔都不会放过他，而且他还不知道娜娜莉的情况，也不敢轻易让帝国方面知道他已经恢复了记忆。
另外，黑色骑士团的主要成员，包括扇、藤堂以及四剑圣除卜部巧雪以外的那三位，被帝国抓了起来，马上就要被处刑，必须在记忆恢复一事没被帝国发现的情况下，引发奇迹，将这些重要成员救出来。
假装尚未恢复记忆，这对鲁路修来说并不是很难做到，倒是其他事情比较难。
鲁路修考虑一番，认为必须先将假弟弟洛洛攻略，让洛洛从敌人变成自己人。
有这个需要是一回事，此外，他也有点不爽，不爽自己的妹妹娜娜莉被这个不知道从哪里冒出来的家伙取代。
用他的话来说就是：
“大家都不记得娜娜莉了，不，是妹妹被假弟弟替换了，不仅篡改了我的记忆，还把学生会的所有人都当成玩具，太过分了。”
“虽是危险的牌，但有相应的价值，没时间踌躇了。”
“将娜娜莉取而代之的冒牌货，看我榨干你的每一滴血，再像破抹布一样抛弃！”
难度非常大的困局，在他的精心谋划之下，成功破解，而且两线同时进行，一场行动，不但将扇和藤堂等人成功解救出来，还将洛洛收服，让洛洛从敌人变成自己人。
随后，维蕾塔曾经失去记忆的时候，跟扇发生的事情，被鲁路修发现。
鲁路修以“维蕾塔老师，你也不想和扇要的关系被揭穿吧”作为要挟，维蕾塔尽管不爽，却也只能倒戈向鲁路修一方。
除了娜娜莉还没消息以外，短期面临的问题，都被鲁路修成功解决。
前面的内容叫爽，这一大段更爽。
只是很快，新的问题出现。
11区新任总督人选确定，居然是娜娜莉。
从布里塔尼亚回到学校的朱雀，拨通娜娜莉的电话，以此来试探鲁路修是否恢复了记忆，鲁路修利用洛洛施展Geass的力量帮忙争取来的几秒，跟娜娜莉简单说明自己的处境，然后，未免恢复记忆的事情暴露，他只能假装不认识娜娜莉。
在娜娜莉被护送来11区的途中，鲁路修带着黑色骑士团的人发动袭击，希望能将娜娜莉救走。
只是，好不容易见到娜娜莉，娜娜莉却并不知道zero就是他，还说他的做法是错误的。
之后，娜娜莉说出自己的愿望，希望能继承尤菲米娅的遗愿，重新建立霓虹行政特区，然后像当初的尤菲米娅一样，邀请身为zero的鲁路修加入。
鲁路修内心十分动摇，陷入两难的境地。
这时，总督护卫舰出现故障，即将坠毁，朱雀也驾驶兰斯洛特赶到。
鲁路修朝娜娜莉冲过去，想要将娜娜莉带走，然而娜娜莉却主动迎向朱雀。
最终，娜娜莉被朱雀带走，鲁路修计划失败。
这次事情之后，鲁路修大受打击，一度想要自暴自弃，直到后来他才发现，原来他的战斗已经不仅仅是为了娜娜莉。
海底，黑色骑士团众人躲藏的舰艇被找到，眼看着就要全军覆没，重新振作过来的鲁路修出手，带领众人渡过危机，接着宣布黑色骑士团全体成员将加入霓虹特区。
这一决定，让帝国方面的人惊讶不已。
在与朱雀等人的密谈之中，鲁路修提出会在特区成立当天，动员百万人参加，条件是放过zero，不追究zero犯下的罪行，只驱逐出境，其他人可以按罪论处。
帝国方面的人，搞不懂他的想法，甚至还有人嘲讽他，说他为了自保，不惜出卖那些相信他的人。
当天，真的有无数人参加典礼，只是当赦免zero这个条件被提出来，台下的人纷纷释放烟雾，然后，前来参加典礼的黑色骑士团众人穿上黑衣，系上披风，戴上黑色头盔，打扮成zero的样子。
zero从具体的某个人，变成一个符号，赦免zero，变成赦免黑色骑士团全体成员。
朱雀等人一脸懵逼，最终只能眼睁睁地看着那些打扮成zero的人光明正大地离开。
一连好几话，虐的地方当然有，但要说很虐也不至于，总体来说还是爽番的展开。
观众们看得爽，看得过瘾，自然人气不掉，好评不断。
尤其第八话那里，百万人打扮成zero，光明正大地离开11区，让帝国方面的人狠狠吃瘪，简直就是神之一手，以至于这一话播完之后，动画的人气还涨了不少，动画的周边产品，尤其zero的套装，包括三万多円一个的定制头盔，更是卖得火热。
趁着动画的人气大爆，林智彦也让人公布了第二季第一卷DVD的相关消息，包括具体的发售时间以及附带的特典。